Deník N zveřejnil rozhovor s ministrem zemědělství Martinem Šebestyánem (za SPD), který se týkal především dotací pro Agrofert. Na vybrané faktické výroky se soustředí tato analýza.
Martin Šebestyán (za SPD): „(Nikdo nezveřejnil, pozn. Demagog.cz) právní analýzu, která by říkala, že se má vymáhat 7,5 miliardy korun (dotací pro Agrofert, pozn. Demagog.cz).“
PRAVDA
Právní analýza ze srpna 2025, o kterou se někdejší ministr zemědělství Výborný opíral v záměru vymáhat po Agrofertu více než 7 mld. Kč, nebyla zveřejněna. Ani analýzy z doby nynější Babišovy vlády tuto částku neobsahují a nevyplývá z nich, že by stát měl nárokové dotace vymáhat.
Ministr zemědělství Martin Šebestyán odpovídá na otázku, zda ho neznervózňuje, že právní kancelář ve své analýze pro Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) říká, že nárokové dotace se po Agrofertu vymáhat nemají, přestože ještě v srpnu 2025 tvrdila opak. Šebestyán uvádí, že první analýza z období předchozí vlády, která by říkala, že Agrofert musí vrátit 7,5 mld. Kč z dotací, nebyla nikdy zveřejněna. V našem odůvodnění se tedy zaměříme na to, zda byla tato analýza publikována a jestli podle ní měl stát po Agrofertu vymáhat výše zmíněnou částku na neoprávněně vyplacených nárokových dotací.
Nárokové dotace Agrofertu
Martin Šebestyán byl ředitelem SZIF od roku 2013 do konce srpna 2022. V letech 2017 a 2018 stát holdingu Agrofert vyplácel nárokové i nenárokové dotace. V souvislosti s auditem Evropské komise (EK) SZIF přestal Agrofertu v roce 2019 vyplácet nenárokové dotace kvůli střetu zájmů jeho bývalého majitele a tehdejšího premiéra Andreje Babiše. Babiš Agrofert už v roce 2017 převedl do svěřenských fondů, které spravovali jeho spolupracovníci, včetně jeho tehdejší manželky Moniky Babišové.
Nárokové dotace SZIF Agrofertu vyplácel i po roce 2019 s odůvodněním, že se jich audit EK netýkal. Fond zároveň zastával stanovisko, že se na tyto dotace nevztahuje paragraf 4c zákona o střetu zájmů (.pdf, str. 2). Argumentoval tím, že dotace poskytuje podle zákona o SZIF, nikoli podle rozpočtových pravidel. Rozsudky soudů poté ale naopak potvrdily, že se zákon o střetu zájmů na dotace poskytované SZIF vztahuje.
Nenárokové a nárokové dotace
Zemědělské firmy mohou čerpat různé druhy dotací (.pdf). V případě, že chce podnik získat nenárokovou dotaci, musí nejprve zpracovat vlastní projekt. Popis projektu pak musí přiložit k žádosti o dotaci a ta následně prochází hodnocením úředníků (.pdf, str. 3).
Naproti tomu na nárokovou dotaci má právo každý vlastník či uživatel zemědělské půdy a chovatel konkrétního druhu hospodářských zvířat, vlastní projekt přitom zpracovávat nemusí (.pdf, str. 1). Výše těchto nárokových (přímých) dotací se odvíjí od výměry půdy, na které podnik hospodaří.
Právní analýzy pro SZIF
V říjnu 2025 tehdejší ministr zemědělství Marek Výborný oznámil, že začal po firmách koncernu Agrofert vymáhat dotace, které holding získal v letech 2017 až 2021, v době působení Andreje Babiše ve vládě. Výborný tehdy uvedl, že resort bude chtít vrátit více než 7 miliard korun, včetně nárokových dotací. Podle Výborného Agrofert nárokové i nenárokové dotace čerpal neoprávněně. Odkazoval se na rozhodnutí soudů i na právní analýzu, kterou si Fialova vláda nechala zpracovat.
Analýzu si SZIF zadal u advokátní kanceláře Portos, ale ke dni námi ověřeného rozhovoru ji fond ani nikdo jiný nezveřejnil. Seznam Zprávy dokument získaly neoficiální cestou a dle nich v něm mj. stojí, že se zákon zakazující střet zájmů týká i nárokových dotací. Seznam Zprávy ale celou analýzu také nezveřejnily a ani neuvedly, že by obsahovala částku, která má být po Agrofertu vymáhána.
Po nástupu Babišovy vlády a Martina Šebestyána na Ministerstvo zemědělství si SZIF nechal vytvořit další právní analýzy k otázce oprávněnosti dotací vyplacených Agrofertu v době, kdy byl Andrej Babiš premiérem. Ke dni námi ověřovaného rozhovoru bylo zveřejněných šest analýz, z nichž čtyři zpracovala advokátní společnost Portos (.pdf,; .pdf; .pdf; .pdf) a zbývající dvě pocházejí z kanceláře Pelikán Krofta Kohoutek (.pdf; .pdf). SZIF na jejich základě dospěl k závěru, že Agrofert nemusí vracet nárokové evropské dotace, které dostal v letech, kdy byl Babiš předsedou vlády.
Jak jsme výrok ověřili?
Státní zemědělský intervenční fond si nechal zpracovat vícero právních analýz k otázce střetu zájmů a oprávněnosti vyplácení dotací Agrofertu v době, kdy byl Andrej Babiše premiérem. První analýza ze srpna 2025, o které Martin Šebestyán mluví, skutečně nebyla zveřejněna. Např. server Seznam Zprávy ji získal, ale ani on ji nepublikoval. Další analýzy byly zveřejněny už během vládnutí současného kabinetu. Tyto dokumenty přitom netvrdí, že se po Agrofertu bude vymáhat 7,5 mld. Kč, naopak SZIF na jejich základě došel k tomu, že Agrofert nárokové evropské dotace nemusí vracet. Výrok Martina Šebestyána tak hodnotíme jako pravdivý.
Martin Šebestyán (za SPD): „Všechna soudní rozhodnutí (o dotacích pro Agrofert, pozn. Demagog.cz) se týkají investičních dotací.“
PRAVDA
Soudní spory Agrofertu se týkaly investičních (nenárokových) dotací, jejichž vyplácení stát pozastavil kvůli auditu Evropské komise. Nárokové dotace SZIF holdingu nadále vyplácel a jejich vrácení nevymáhal. Nevznikl tak důvod, aby se společnosti v této věci obracely na soud.
Ministr zemědělství Martin Šebestyán mluví o střetu zájmů Andreje Babiše a jeho holdingu Agrofert, který podle soudů neoprávněně čerpal řadu dotací od Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF). Šebestyán odpovídá, že rozsudky se nevztahují k nárokovým dotacím, a odmítá argumentaci, že soud typ dotací nerozlišuje. Dodává, že rozhodnutí se týkají investičních dotací, které SZIF pod jeho vedením pozastavil.
Spory o nenárokové dotace
Evropská komise v dubnu 2021 zveřejnila závěrečnou zprávu k auditu, který prověřoval střet zájmů Andreje Babiše v období 2014–2020. Audit potvrdil, že Babiš měl jako předseda vlády vliv na přidělování dotací jeho holdingu Agrofert (.pdf, str. 51 z 242). Podle zprávy jsou tak dotace, které holding čerpal od února 2017, neoprávněné.
SZIF kvůli probíhajícímu auditu už v roce 2019 preventivně pozastavil společnostem z holdingu Agrofert vyplácení nenárokových dotací, protože se obával, že Evropská komise odmítne tyto dotace proplatit. Některé firmy z holdingu se proti pozastavení a nevyplacení nenárokových dotací soudně bránily. Soudy ale později opakovaně rozhodly, že na tento druh dotací společnosti nemají právo. Podle argumentace soudů totiž Andrej Babiš Agrofert i po vložení jeho akcií do svěřenských fondů dále fakticky ovládal, a jako člen vlády tedy byl ve střetu zájmů.
Zpočátku se společnosti z holdingu obracely na Městský soud v Praze (MSPH) s žalobami z důvodu nečinnosti při rozhodování o jejich žádostech o dotaci a v několika případech byly úspěšné. Nejvyšší správní soud (NSS) však tyto rozsudky později zrušil a vrátil k přezkoumání, zároveň zamítl další stížnosti firem, které u MSPH neuspěly. NSS tak postupně judikaturu sjednotil ve prospěch postupu SZIF. V některých případech toto stanovisko potvrdil také Ústavní soud.
V tabulce níže je přehled rozsudků podle finálního soudu, který o oprávněnosti dotací rozhodoval, a projektů, na které byly žádosti podány. Jednalo se především o dotace z operačních programů Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost (OP PIK) a Programu rozvoje venkova (PRV).
Nárokové dotace
Nárokové dotace SZIF holdingu vyplácet nepřestal s odůvodněním, že se audit Evropské komise týkal pouze investičních dotací (.pdf). Soudní spory s firmami holdingu Agrofert se tak týkaly pouze dotací nenárokových – tedy těch, které stát firmám vyplatit odmítal. Fond zároveň zastával stanovisko, že se na jím vyplácené dotace zákon o střetu zájmů vůbec nevztahuje, protože dotace vyplácí podle zákona o SZIF, a ne podle zákona o rozpočtových pravidlech (.pdf, str. 2). Rozsudky českých soudů nicméně toto stanovisko vyvrátily a potvrdily, že se zákon na investiční dotace od SZIF, kterých se rozsudky týkaly, vztahuje.
Vymáhání přímých plateb
Zákon o střetu zájmů nerozlišuje mezi nárokovými a nenárokovými dotacemi, pouze stanovuje, že firma, v níž má člen vlády minimálně 25% podíl, nesmí získat veřejné zakázky ani dotace podle právního předpisu upravujícího rozpočtová pravidla. Z tohoto výkladu vycházel i bývalý ministr zemědělství Marek Výborný, který v srpnu 2025 uvedl, že ministerstvo bude po Agrofertu vymáhat i přímé platby. V únoru 2026 pak dozorčí rada SZIF vyzvala ředitele fondu k zahájení vymáhání dotací.
SZIF si však následně zpracoval vlastní právní analýzu, podle které existují relevantní argumenty pro závěr, že zákon o střetu zájmů nedopadá na nárokové dotace (.pdf, str. 26). Fond se na základě této analýzy rozhodl přímé platby po Agrofertu nevymáhat.
Jak jsme výrok ověřili?
Firmy z holdingu Agrofert v minulosti iniciovaly řadu soudních sporů o nenárokové (investiční) dotace, které jim stát pozastavil v reakci na audit Evropské komise ke střetu zájmů Andreje Babiše v době, kdy byl premiérem. V případě nárokových dotací (přímých plateb) však SZIF peníze holdingu poskytoval dál a nezačal vymáhat jejich vrácení. Nevznikl tak důvod pro to, aby se společnosti kvůli těmto dotacím obracely na soud. Výrok Martina Šebestyána proto hodnotíme jako pravdivý.
Martin Šebestyán (za SPD): „Ty (investiční dotace pro Agrofert, pozn. Demagog.cz) byly zastaveny mnou v rámci SZIF po dohodě s Evropskou komisí. Nikdy nebyly vyplaceny a protistrana se o ně soudila.“
PRAVDA
V reakci na audit Evropské komise SZIF v čele s Martinem Šebestyánem pozastavil všechny investiční dotace určené Agrofertu. Jedné ze společností byly dotace vyplaceny ještě před zahájením auditu a částku musela vracet. Holdingové firmy se proti rozhodnutí soudně bránily.
Ministr zemědělství Martin Šebestyán (za SPD) odpovídá na otázky ohledně vymáhání zemědělských dotací vyplacených holdingu Agrofert v době, kdy byl premiér Andrej Babiš (ANO) ve střetu zájmů. V reakci na dotazy na možnost vymáhání nárokových dotací uvádí, že soud o tomto typu dotací v případě Agrofertu nerozhodoval a že se všechna dosavadní soudní rozhodnutí týkala pouze investičních (nenárokových) dotací. Ty podle svých slov v rámci Státního zemědělského intervenčního fondu po dohodě s Evropskou komisí sám zastavil, nikdy nebyly vyplaceny a firmy v holdingu Agrofert se o ně podle něj dále soudily.
Zastavení investičních dotací pro Agrofert
Státní zemědělský intervenční fond (SZIF) spadá do působnosti Ministerstva zemědělství. Jedná se o akreditovanou platební agenturu, jejímž hlavním úkolem je zprostředkovávat finanční podporu z evropských a národních zdrojů. Současný ministr zemědělství Martin Šebestyán vykonával funkci generálního ředitele SZIF od ledna 2014 do srpna 2022.
Na začátku roku 2019 proběhl audit Evropské komise zaměřený na porušování legislativy o střetu zájmů. Kvůli tomuto auditu probíhala mezi českou stranou a Evropskou komisí korespondence. Na přelomu roku 2019 a 2020 byly známé závěry, že Agrofert během vlády Andreje Babiše čerpal dotace neoprávněně. Babiš tvrzení o střetu zájmů odmítal a s výsledkem auditu nesouhlasilo ani Ministerstvo pro místní rozvoj. Česko přesto podle tehdejšího vedoucího tiskového oddělení resortu Viléma Frčka většinu nápravných opatření požadovaných Evropskou komisí přijalo. Zemědělské investiční dotace určené Agrofertu byly preventivně pozastaveny: SZIF s Šebestyánem v čele tehdy rozhodl o pozastavení 21 projektů ještě před podpisem dohody, u dalších 7 žádostí došlo k jejich zastavení před vyplacením peněz.
Dceřiné firmy spadající do holdingu Agrofert se pozastavení investičních dotací rozhodly řešit soudně. Ve všech 28 případech se společnosti domáhaly zrušení rozhodnutí SZIF o zamítnutí žádostí o dotace. SZIF ale ve všech soudních sporech podle mluvčí fondu Evy Češpivy uspěl. Podle rozsudků měl Andrej Babiš skrz svěřenské fondy vliv na Agrofert a dotace vyplácené v období jeho vlády byly v rozporu se zákonem.
Dotace pro Schrom Farms
Jednou problematickou investiční dotací v rámci zemědělské části auditu, k jejímuž proplacení došlo, byla dotace pro dceřinou společnost Agrofertu Schrom Farms v hodnotě 1,6 milionů korun. Finance byly firmě vyplaceny ještě před začátkem auditu. V září 2022, tedy těsně po Šebestyánově konci na postu generálního ředitele, začal SZIF finance po společnosti vymáhat. Proti tomu se firma odvolala k Ministerstvu zemědělství. To nejprve případ s odkazem na procesní vady SZIF vrátilo. Poté, co fond doplnil spis o další dokumenty, ale SZIF jeho rozhodnutí potvrdilo.
Společnost tak musela vyplacenou částku vrátit. Poté se obrátila se na Městský soud v Praze, který dvakrát rozhodl v její prospěch, nejprve s odkazem na nedostatečné zdůvodnění odebrání dotace, později na promlčení vymáhání částky. Ministerstvo zemědělství následně podalo kasační stížnost k Nejvyššímu správnímu soudu, který v dubnu 2026 nařídil případ znovu otevřít.
Jak jsme výrok ověřili?
Audit Evropské komise v roce 2019 odhalil, že během vlády Andreje Babiše docházelo kvůli premiérově střetu zájmů k neoprávněnému čerpání dotací firmami holdingu Agrofert. Státní zemědělský intervenční fond, jehož generálním ředitelem byl právě Martin Šebestyán, v návaznosti na zjištění Evropské komise všechny investiční dotace určené daným firmám preventivně pozastavil. Všechny zasažené holdingové společnosti se proti rozhodnutí neúspěšně soudily, dotace jim nikdy vyplaceny nebyly. Výjimku tvořila pouze společnost Schrom Farms, které byly dotace vyplaceny ještě před zahájením auditu. Firma nakonec musela částku v návaznosti na rozhodnutí SZIF a Ministerstva zemědělství v roce 2024 vrátit. Proti tomuto rozhodnutí se soudně bránila a dvakrát také uspěla, Nejvyšší správní soud nicméně v dubnu 2026 nařídil případ znovu otevřít. Výrok tak hodnotíme jako pravdivý s výhradou.
Martin Šebestyán (za SPD): „(…) právně nezávazným stanoviskem Evropské komise (…). A toto právně nezávazné stanovisko se týká investičních dotací.“
PRAVDA
Audit Evropské komise ke střetu zájmů Andreje Babiše má formu stanoviska, a není tak právně závazný. Může pouze sloužit jako podklad pro závazná rozhodnutí. Komise v rámci auditu přezkoumávala vybrané investiční (nenárokové) dotace, které se týkaly konkrétních projektů.
Ministr zemědělství Martin Šebestyán mluví o střetu zájmů Andreje Babiše a jeho holdingu Agrofert, který podle soudů neoprávněně čerpal řadu dotací od Státního zemědělského intervenčního fondu (SZIF). Šebestyán reaguje na dotaz, zda ze zákona o střetu zájmů vyplývá, že by měl stát od Agrofertu vymáhat vyplacené nárokové dotace. V této souvislosti zmiňuje, že samotná Evropská unie peníze zpátky nechtěla. Doplňuje, že audit Evropské komise ke střetu zájmů není právně závazný, a navíc se týká pouze nenárokových dotací.
Audit Evropské komise
Evropská komise v dubnu 2021 zveřejnila závěrečnou zprávu o auditu fungování řídicích a kontrolních systémů zavedených s cílem zamezit střetu zájmů v České republice. Tento audit prověřoval střet zájmů Andreje Babiše v období 2014–2020 a zkoumal, zda mohl ovlivnit mechanismy přidělování nenárokových dotací z operačních programů EU, z nichž byly financovány také projekty skupiny Agrofert (.pdf, str. 7 z 242). Podle této zprávy měl Babiš ve sledovaném období přímý vliv na firmy z holdingu Agrofert skrze svěřenské fondy, čímž došlo k porušení zákona o střetu zájmů (.pdf, str. 51 z 242). Ten stanovuje, že firma, v níž má člen vlády minimálně 25% podíl, nesmí získat veřejné zakázky ani dotace.
Podle zprávy jsou tím pádem dotace, které Agrofert čerpal od února 2017, neoprávněné. Komise proto doporučila také revizi všech poskytnutých dotací z dotčených programů ve zmiňovaném období a zrušení příspěvků v případech, kdy došlo k porušení zákona o střetu zájmů (.pdf, str. 25 z 242). Kvůli prověrkám pak pozastavila čerpání nenárokových dotací pro Agrofert. Samotný audit kontroloval jen několik vybraných projektů (str. 24 z 242). Jednalo se například o příspěvek na inovační linku na výrobu toastového chleba nebo rekonstrukci skladu kapalných hnojiv (str. 229–231 z 242). Ve všech případech se jednalo o příspěvek na konkrétní projekt – šlo tedy o investiční dotace.
Právní závaznost stanoviska
Audit Evropské komise měl povahu stanoviska, které na rozdíl od jiných právních aktů EU není závazné. Česká republika se tak proti jeho výsledkům nemohla bránit u Evropského soudního dvora, jak plánovala tehdejší ministryně pro místní rozvoj Klára Dostálová (ANO). Odvolání by bylo možné až proti případnému právně závaznému rozhodnutí, ve kterém by Komise požadovala vrácení dotací. Ta ale uvedla, že peníze vymáhat nebude, protože Česko dotace vyplatilo ze státního rozpočtu a nestihlo EU požádat o jejich proplacení.
Jak jsme výrok ověřili?
Audit Evropské komise ke střetu zájmů Andreje Babiše sám o sobě nezakládá právní důsledky. Může pouze sloužit jako podklad pro právně závazné rozhodnutí. Komise však v tomto případě žádný další akt nevydala, protože dotace pro Agrofert byly poskytnuty ze státního rozpočtu a Česká republika o jejich proplacení Evropskou unii nepožádala. Dotace a mechanismy jejich přidělování, které audit zkoumal, se zároveň týkaly konkrétních projektů, nikoliv plošných plateb, a šlo tedy o tzv. investiční (nenárokové) dotace. Výrok Martina Šebestyána tak hodnotíme jako pravdivý.
