Robert Kaliňák v diskusnej relácii Na telo vyslovil podozrenie, že referendum o vstupe do Európskej únie mohlo byť zmanipulované. Podľa jeho slov sa malo jednať o manipuláciu s účasťou, keďže za posledné dve hodiny hlasovania prišiel k urnám dostatočný počet voličov, aby bolo referendum platné. Na obhajobu svojich tvrdení však neponúkol žiadne relevantné dôkazy.
Bývalý minister vnútra vyslovil tieto pochybnosti 28. mája v diskusii s Jaroslavom Naďom, ako reakciu na otázku moderátora, či má obavu z manipulovania volieb. Kaliňák povedal, že obava z manipulácie volieb existuje, pretože na Slovensku už máme historickú skúsenosť, ktorú nikto nechcel prešetriť. Na otázku moderátora, prečo nedal ako viacnásobný minister vnútra podozrenia prešetriť, reagoval, že nechcel, aby bol spochybnený vstup Slovenska do Európskej únie.
Vo výroku Kaliňák prakticky zopakoval slová bývalého prezidenta SR Ivana Gašparoviča spred 20 rokov. Ani vtedy neboli okrem špekulácií predložené žiadne dôkazy o údajnej manipulácii a jediným argumentom ostávajú hrubé odhady o priebežnej účasti, ktoré navyše nedokazujú nereálnosť finálnej účasti.
Dvojdňové referendum o vstupe Slovenskej republiky do Európskej únie sa konalo v piatok a sobotu 16. a 17. mája 2003 a išlo sa o jediné platné referendum v histórií samostatnosti Slovenska. Na to, aby bolo referendum platné, musí podľa Ústavy SR prísť k hlasovaniu nadpolovičná väčšina oprávnených voličov. Referenda o vstupe do EÚ sa zúčastnilo 52,15 % všetkých oprávnených voličov, z nich sa drvivá väčšina (92,46 %) vyslovila za vstup do EÚ.
Úspech referenda nebol dopredu jasný, a to aj napriek tomu, že vstup do EÚ podporovali prakticky všetky politické strany. V prieskumoch verejnej mienky sa mesiace pred hlasovaním určite plánovalo zúčastniť okolo 42 % voličov a až v máji 2023 toto číslo vyskočilo nad 47 % (.rtf, str. 8). Stále tu však bola významná časť populácie (20-30 %), ktorá na otázku, či sa zúčastnia, odpovedali „skôr áno“ a taktiež okolo 10 % nerozhodnutých voličov. Z dovtedajších volebných skúseností sa však dalo počítať najmä s tými, ktorí si svojou účasťou boli istí.
Aj preto sa viacerí politici obávali o dostatočnú účasť, čo priznali neskôr aj vtedajší premiér Dzurinda, či vtedajší minister zahraničných vecí Eduard Kukan. Po medializovaných informáciách z piatkového večera, že sa účasť doposiaľ pohybovala medzi 15-28 %, sa uskutočnilo stretnutie predsedov politických strán, ktorí následne cez médiá podporili účasť na referende. Traja najvyšší ústavní činitelia, prezident Schuster, premiér Dzurinda a predseda parlamentu Hrušovský, vyzvali napriek moratóriu k účasti aj počas sobotného volebného dňa. Počas sobotného dopoludnia priebežné odhady účasti vyskočili nad 40 %, dve hodiny pred zatvorením miestností však hovorili len o 48,4 % účasti.
V tej dobe sa však jednalo len o hrubé neoficiálne odhady priebežnej účasti. Podľa vtedajšieho znenia zákona totiž nesmeli referendové komisie a pracovníci odborných sumarizačných útvarov poskytovať informácie o priebehu a čiastkových výsledkoch hlasovania až do podpísania zápisnice o výsledku hlasovania, teda do spočítania hlasov po zatvorení volebných miestností.
Niekoľko dní po konaní referenda predseda mimoparlamentnej strany HZD Ivan Gašparovič, ktorý v tom čase ohlasoval svoju kandidatúru na prezidenta, prišiel s hypotézou manipulácie výsledkov referenda. Poukázal pritom práve na situáciu s priebežnou volebnou účasťou, kedy vraj chýbali ešte dve percentá voličov dve hodiny pred uzavretím miestností, a to pri údajne nízkej popoludňajšej účasti. Robert Kaliňák vo svojom výroku len reprodukoval Gašparovičove slová spred 20 rokov.
Akúkoľvek manipuláciu kategoricky odmietol vtedajší šéf Štatistického úradu Peter Mach. Podľa neho fakt, že vo volebných komisiách sedeli a výsledky kontrolovali zástupcovia všetkých politických strán, vylučuje manipuláciu. V súčasnosti navyše Mach hovorí, že argumentácia priebežnou účasťou je nedostatočná na spochybnenie výsledkov, keďže zverejňovanie priebežnej účasti vtedy zákon zakazoval a jednalo sa len o hrubé neoficiálne odhady s časovým odstupom od aktuálneho stavu.
Ak by aj boli tieto údaje správne, nedokazujú nereálnosť konečnej účasti. Priemerne hlasovalo 3,7 percenta voličov každú hodinu počas otvorenia volebných miestností – za dve hodiny teda priemerne odhlasovalo vyše sedem percent oprávnených voličov. Ak by aj bola volebná účasť v posledných hodinách podpriemerná, nie je dôvod predpokladať, že za posledné 2 hodiny nemohla dosiahnuť dodatočné štyri percentá.
